独立リーグとのからみで規約違反→大会から除外へ

ついさっき見たニュース。都市対抗の奈良県予選で、規約違反があったとして1チームが大会から除外されたらしい。
http://ama-baseball.mainichi.jp/news/20130419k0000m050024000c.html
昨年まで関西独立リーグに所属していた選手が予選に出ていたとのことで、規約違反で大会から除外されてしまったという。
そんな規約あったっけ？なんか記憶があいまいだったので調べてみた。
「国内の独立リーグに関する取扱要領」の改正について(PDF)
あった。独立リーグを退団後、1年間はJABAに選手登録ができなくなっている。よく元独立リーグ選手の登録が載っているが、あれは1年たっていたのか。
もっとも、NPB退団者は翌年からJABAに所属できている。昨年まで現役だった門倉健や、全足利の吉田真史などがそうだ。
しかし、こういうニュースが出てきて、改めて考えるとなんか腑に落ちない。
上記のPDFにもあるとおり、独立リーグができた当初は選手の離脱が相次ぎ、クラブの運営に支障をきたした事例があったためにできた一種の歯止め（だと思われる）だ。言ってみれば緊急避難的な決まりごとだったが今はどうだろう。
独立リーグが急激に増える見込みは全くないし、選手の厳しい環境や経営状態がすでに知られているので、今後クラブチームの運営に影響を与えるような大量流出が起こるとは考えにくい。
だから、重複登録のような事態は引き続き禁止すべきだろうけど、退団後○年間はダメみたいな決まりごとはあまり意味がないと思うのだが、どうだろう。チーム関係者はどう思ってるだろうか。